La majorité de l'étape se déroule dans le département des Pyrénées-Atlantiques, sauf un court passage par la Communauté forale de Navarre en Espagne. Voici la liste des principaux sites traversés lors de l'étape (avec les principales difficultés en italique):
Les coureurs entament cette dernière étape de montagne après une journée de repos, à l'exclusion des membres de l'équipe Astana qui s'est retirée de la course à la demande des organisateurs, à la suite du contrôle positif de son leader Alexandre Vinokourov[1].
Soler, Sastre, Mayo et Verdugo passent en tête au col de Marie-Blanque, le peloton avec le maillot jaune est distancé de 2 minutes20 secondes.
Les quatre premiers du classement général se détachent dans la montée du col d'Aubisque: Michael Rasmussen, Alberto Contador, Cadel Evans et Levi Leipheimer. Le maillot jaune, Michael Rasmussen, distance Alberto Contador et Levi Leipheimer dans le dernier kilomètre et l'emporte au col d'Aubisque.
Mais ce sont les affaires de dopage qui ont animé la journée après le retrait de l'équipe Astana et l'exclusion d'Alexandre Vinokourov la veille, convaincu de dopage par transfusion homogène. Six équipes françaises et deux allemandes ont profité du départ de l'étape pour faire un sit-in de quelques minutes alors que les autres équipes s'engagent dans la course. L'atmosphère est plombée par des rumeurs d'un nouveau cas de dopage qui serait annoncé à l'issue de l'étape: c'est l'Italien Cristian Moreni de l'équipe française Cofidis qui est convaincu de dopage à la testostérone entraînant son exclusion immédiate. La Cofidis annonce alors son retrait et ses membres font l'objet d'interrogatoires et de perquisitions au sein de l'hôtel qui les accueille au soir de l'étape. À 23 h, le Danois vainqueur de l'étape et actuel maillot jaune Michael Rasmussen est limogé de son équipe, la Rabobank. Il s'était soustrait à quatre contrôles antidopage les jours précédant le départ du Tour de France et a menti sur son emploi du temps à son équipe ainsi qu'aux instances sportives chargées de le contrôler.
L'AméricainLevi Leipheimer, 4e du classement général, est disqualifié en 2012 pour ses pratiques dopantes entre 1999 et 2007 et apparait donc rayé dans le classement si dessous[2].
Avec l'abandon de l'ensemble de l'équipe suisseAstana et la présence de deux de ces coureurs aux 2e et 3eplaces de l'étape, l'équipe américaineDiscovery Channel reprend la tête du classement général par équipe, devançant l'équipe Caisse d'Épargne et l'équipe danoiseCSC.
↑ En 2012, Levi Leipheimer fait partie des anciens coureurs de l'US Postal/Discovery Channel témoignant devant l'USADA des pratiques de dopage au sein de cette équipe. Il avoue s'être dopé entre 1999 et 2007. L'USADA le suspend pour six mois à compter du et lui retire les résultats sportifs obtenus du au , et du 7 au : (en) Leipheimer accepts USADA sanction following doping admission, Cycling News, . Consulté le 19 juin 2013.
Étape de montagne
France
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