Deuxième du 10 000 m marche lors des championnats d'Asie juniors de 2012, Daisuke Matsunaga remporte en 2014 les championnats du monde juniors, à Eugene, aux États-Unis, en établissant un nouveau record personnel en 39min27s19[1]. La même année, il avait remporté la médaille d'argent en Coupe du monde catégorie junior, en battant son record national junior en 39min45s (NJR). Il remporte la médaille de bronze lors de l'Universiade de 2015 sur 20 km marche. Le , il remporte le 20 km des Championnats d'Asie de marche à Nomi, devançant en 1h18min53s, record personnel, le Canadien Iñaki Gómez et son compatriote Takumi Saitō.