En 2021, Gregor Matija Černe termine troisième du Tour d'Albanie, tout en ayant remporté une étape. L'année suivante, il évolue au sein de l'équipe continentale croate Meridiana Kamen.
Lors de la saison 2023, il s'impose sur la course Belgrade-Banja Luka[1],[2]. Il s'agit de son premier succès obtenu sur une compétition inscrite au calendrier de l'UCI.