En janvier 1991, Habib el-Malki est élu secrétaire général du Conseil national de la jeunesse et de l'avenir (CNJA), il occupe ce poste jusqu'à juillet 2000.
Le , il est nommé ministre de l'Éducation nationale dans le gouvernement Jettou I[1]. Lors du remaniement ministériel du , il devient ministre de l'Éducation nationale, de l'Enseignement supérieur, de la Formation des cadres et de la Recherche scientifique, il est remplacé par Ahmed Akhchichine dans le gouvernement El Fassi[1].
En avril 2012, Habib el-Malki annonce sa candidature au poste du Premier secrétaire de son parti[2]. Lors de la tenue du IXe congrès national de l'USFP à Bouznika en décembre 2012, il sort éliminé au premier tour de l'élection.
Le financement du développement économique au Maroc (1960-1977): problèmes et perspectives, Casablanca, Éditions maghrébines, , 222p.
L'économie marocaine: bilan d'une décennie (1970-1980), Paris, CNRS Éditions, , 201p. (ISBN2-222-02897-3, lire en ligne)
Le Tiers-monde dans la crise: quelles issues?, Casablanca, Éditions maghrébines, , 422p.
Au-delà des chiffres, quel développement?, Casablanca, Éditions maghrébines, , 232p.
«Le Maghreb économique, entre le possible et le réalisable», dans Le Grand Maghreb: données socio-politiques et facteurs d'intégration des États du Maghreb, Paris, Economica, coll.«Politique comparée», (ISBN2-7178-1469-8), p.211-219
La Méditerranée en question, conflits et interdépendances: Colloque du 07 au 09 décembre 1989, Paris, CNRS Éditions, , 278p. (ISBN2-222-04642-4, lire en ligne)
«Dimensions économique et socio-culturelle de la Constitution», dans Trente années de vie constitutionnelle au Maroc, Paris, Librairie générale de droit et de jurisprudence, (ISBN2-275-00494-7), p.325-336
Les chantiers de l'avenir: entretiens, Casablanca, Éditions Eddif, , 196p. (ISBN9981-09-043-3)
La Méditerranée face à la mondialisation: les constances de l’identité, Casablanca, Éditions Toubkal, coll.«Connaissance économique», , 139p. (ISBN9981-880-81-7, lire en ligne)