La saison 2013 de l'Indonesia Premier League est la deuxième et dernière édition de l'Indonesia Premier League, la compétition reconnue par la fédération indonésienne, à la suite de sa décision d'attribuer l'organisation du championnat à une nouvelle société. Cependant, en parallèle de la Premier League, la Super League continue à être organisée cette saison, toujours avec l'organisateur historique.
Cette dernière édition de l’IPL a été relativement mouvementée. La décision en par l’ensemble des parties prenantes des deux championnats parallèles de fusionner dès la saison 2014 compromet la fin de la compétition. Le championnat est purement et simplement arrêté et les clubs toujours en lice s’affrontent en barrages pour déterminer les sept clubs autorisés à participer à la prochaine édition du championnat national, s’ils remplissent les conditions d’admission. De plus, la phase finale du championnat est elle-même annulée, l’argument avancé étant que la priorité est de déterminer les clubs potentiellement qualifiés pour la saison prochaine.
L’ensemble des clubs toujours en lice (excepté Semen Padang, automatiquement qualifié en tant que tenant du titre) se retrouve pour déterminer les six clubs autorisés à participer à la prochaine saison du championnat. Les dix formations sont réparties en deux groupes, dont les trois premiers pourront être candidats pour s’aligner en 2014.