Marianne Fatton est initiée au sport dès sa jeunesse par ses parents, la fondeuse Anna Janoušková(en) et Didier Fatton, spécialiste de course en montagne. Elle pratique tour à tour, le ski de fond, la course à pied, la course d'orientation et le biathlon. En 2014, elle participe à une journée d'initiation au ski alpinisme et est retenue pour intégrer l'équipe nationale junior. Elle démontre d'emblée de bonnes performances en décrochant le titre de championne du monde junior de sprint en 2015[1].
En Marianne Fatton prend la tête du classement général après les deux premières courses de la coupe du monde de ski-alpinisme. Elle remporte le classement général de la coupe du monde de ski-alpinisme écourtée en raison de la pandémie de coronavirus[20].
En janvier 2024, elle prend part aux championnats d'Europe de ski-alpinisme à Flaine. Elle brille sur l'épreuve du sprint en signant d'abord le meilleur temps des qualifications. Elle est ensuite battue par la Française Célia Perillat-Pessey dans la première manche et la demi-finale. Marianne Fatton mène ensuite la finale de bout en bout pour s'offrir le titre[30]. Elle conclut les championnats en décrochant la médaille de bronze lors du relais mixte avec Rémi Bonnet[31].
sur le relais mixte de Val Thorens (Coupe du monde) (avec Thomas Bussard)