La saison 1999 de Super 12 est la quatrième édition de la compétition. Elle est disputée par 12 franchises d'Australie, d'Afrique du Sud et de Nouvelle-Zélande. La compétition débute le et se termine le à Christchurch. Elle est remportée par les Crusaders à l'issue d'une finale contre les Highlanders.
Équipes participantes
La compétition oppose les douze franchises issues des trois grandes nations du rugby à XV de l'hémisphère sud:
Qualifiés pour la phase finale (no1, no2, no3, no4).
T: Tenant du titre 1998
Attribution des points: victoire: 4, match nul: 2, défaite: 0; plus les bonus (offensif: 4 essais marqués; défensif: défaite par 7 points d'écart maximum).
Règles de classement[1]: 1. différence de points; 2. résultat du match entre les deux franchises; 3. le nombre d'essais marqués.